BPK berwenang menentukan objek pemeriksaan, merencanakan dan melaksanakan pemeriksaan, menentukan waktu dan metode pemeriksaan serta menyusun dan menyajikan laporan pemeriksaan.
Dalam proses pemeriksaan tersebut, BPK berwenang meminta keterangan dan/atau dokumen yang wajib diberikan oleh setiap orang, unit organisasi, lembaga dan badan yang mengelola keuangan negara. Dalam hal ini BPK menetapkan jenis dokumen, data, serta informasi mengenai pengelolaan dan tanggung jawab keuangan negara yang wajib disampaikan kepada BPK.
BPK juga berwenang melakukan pemeriksaan langsung di lapangan. BPK berwenang melakukan pemeriksaan di tempat penyimpanan uang dan barang milik negara, di tempat pelaksanaan kegiatan, pembukuan dan tata usaha keuangan negara, serta pemeriksaan terhadap perhitungan-perhitungan, surat-surat, bukti-bukti, rekening koran, pertanggungjawaban, dan daftar lainnya yang berkaitan dengan pengelolaan keuangan Negara.
Untuk kasus tertentu, BPK dapat menggunakan tenaga ahli dan/ atau tenaga pemeriksa di luar BPK yang bekerja untuk dan atas nama BPK.