BPK memeriksa seluruh keuangan negara, yang meliputi penerimaan negara, baik berupa pajak dan non pajak, seluruh aset dan utang piutang negara, penempatan kekayaan negara serta penggunaan pengeluaran negara.
Dengan demikian, BPK bertugas memeriksa pengelolaan dan tanggung jawab keuangan negara yang dilakukan oleh Pemerintah Pusat, Pemerintah Daerah, Lembaga negara lainnya, Bank Indonesia, Badan Usaha Milik Negara, Badan Layanan Umum, Badan Usaha Milik Daerah, dan lembaga atau badan lain yang mengelola keuangan negara.
Yang dimaksud dengan “lembaga atau badan lain yang mengelola keuangan negara” antara lain: Badan hukum milik negara, LPS, yayasan yang mendapat fasilitas negara, komisi-komisi yang dibentuk dengan undang-undang (seperti KPK, KPU, KPI dan sebagainya), serta badan swasta yang menerima dan/menegelola uang negara.
Namun demikian, sampai saat ini masih ada lembaga pemerintahan yang tidak sepenuhnya bisa diperiksa oleh BPK, yaitu penerimaan pajak yang dikelola Direktorat Jendral Pajak. Ini terjadi karena UU Perpajakan memang menutup akses BPK pada pemeriksaan penerimaan pajak.
